Muhammed Emin, 1818'de Dağıstan'da doğdu. Gençliğinde adım adım dolaştığı Kafkasya ve Küçük Asya hakkında çok iyi bilgi sahibiydi. 1836'da Şamil'in müridlerine katıldı. Ve daha sonra Şamil tarafından Batı Kafkasya'daki Kuban ötesi bölgeye Naib atandı. Muhammed Emin Batı Kafkasya'ya varır varmaz Çerkes kabileleri arasında, Çar hükümetine karşı yürütülen savaş hakkında vaazlar vermeye başladı. Ve gazavat bayrağı altında bir isyan başlattı. Kanunlar çıkartıp tek tip bir yönetim şekli teşkil etti ve düzenli bir ordu meydana getirdi. Müridizmi Çerkez kabileleri arasında yerleştirmeye yönelik bir siyaset güden Muhammed Emin, Şamil'in imamlığına birçok yönden benzeyen bir yönetim sistemi oluşturdu. İki topla takviye edilmiş üçyüz "murtazek" savaşçısından oluşan bir muhafız birliğinin savunduğu bir kulede ikamet ediyordu. Muhammed Emin birbiriyle zayıfça birleşmiş Çerkes kabilelerini yönetirken askeri birliklerine güveniyordu.
Muhammed Emin'in liderliğindeki dağlılar, Çar Hükümetine karşı yürüttükleri şiddetli savaşta, Rus birlikleri tarafından istila edilen bölgeye yalnız 1849 yılı içerisinde 101 akın düzenlediler. Rus birlikleri Kırım Savaşı sırasında Karadeniz Hattı üzerindeki bütün istihkamların, dağlıların baskısıyla geri çekmek zorunda kaldılar.

Askeri fonksiyonları olan "Halk Meclisleri" kurdu. Yönetimi altındaki halkı herbiri yüz aileyi içine alan cemaatlara böldü. Bunlar seçilmiş yaşlılar tarafından yönetilmekteydi. Herbiri bir Müftü ve üç Kadıdan oluşan merkezi idareli dört bölge organize etti.
Muhammed Emin de Şamil gibi halkı ticarete teşvik ediyordu.

Muhammed Emin Çerkes beylerine şiddetli akınlar düzenledi. Yerel Feodal beyleriyle mücadele etmesindeki amaç bütün Kuban ötesi kabilelerini tek bir birlik altında toplamaktı. Şamil'in Batı Kafkasya'daki Valisi olarak görünmekteydi. Ama gerçekte, Kuban'dan Abhazya'ya kadar olan bölgedeki tüm Çerkeslerin yöneticisiydi. Rus kordonunu yarıp Şamil'le birleşmeyi çok istiyordu ve birkaç kez harekete geçti ama başarılı olamadı. Şamil güçlü olduğu sürece Muhammed Emin de zaferler kazandı ama Şamil'in ele geçirilmesinden sonra Çar'ın orduları tarafından sarıldı. Emin'in Türkiye Sultanı tarafından tayin olunan yerel prens Sefer Bey'le yaptığı savaş Çerkes kabilelerinin gücünü zayıflatmıştı.

Emin, Şamil'in düşmesinden hemen sonra 20 Kasım 1859'da kuşatma altına alındı. Fakat bu bile Kafkasya'daki savaşa bir son vermedi. Hemen hemen beş yıl, her yönden kuşatılan dağ kabileleri kahramanca direndikleri Çar'a karşı inatçı bir mücadele sürdürdüler. 1859'dan sonra 70 tabur, bir ağır süvari tümeni, 20 kazak alayı ve 100 top dağlılara karşı yönlendirildi. 60'lı yılların başına kadar Batı Kafkasya ile mücadele sona ermemişti.

Oluşturduğu 80.000 kişilik güçlü Birleşik Kafkasya Ordusuyla, tam l2 yıl kat kat üstün Rus kuvvetlerine karşı ülkenin birliğini ve bağımsızlığını savundu. Yayılmacı Rus ordularına vurduğu ağır darbeler ve başarılı çalışmalarından dolayı kendisine Osmanlı Padişahı Abdülmecid tarafından "PAŞA" unvanı verildi. İmam Şamil'in 1859 yılında Gunip kalesinde teslim olmak zorunda kalmasının ardından o da savaşı sürdürmenin anlamı kalmadığına karar verdi. Şamil ile görüştükten sonra, ailesiyle birlikte 1860'lı yıllarda Türkiye'ye göç etti. Emin Paşa'nın en büyük arzusu, Türklerden oluşan büyük bir birlik ile tekrar Kafkasya'ya dönüp Ruslarla savaşmaktı. Fakat bu arzusuna kavuşamadan 8 Nisan 1901 tarihinde, 83 yaşında Bursa'ya bağlı Armutköy'de vefat etti.